La estructura administrativa de la Asociación está encabezada por la Asamblea General de Delegados conformada por cuatro personas de cada facultad así: el Decano, dos profesores y un estudiante. Esta asamblea se reúne una vez cada dos años y nombra al Presidente, Vicepresidente, Director Ejecutivo, Revisor fiscal y Tesorero. El segundo órgano de dirección es el Consejo directivo, conformado por los decanos y el director ejecutivo, quienes se reúnen dos veces al año para tomar las decisiones concernientes al funcionamiento de la asociación. En esta instancia se producen los nombramientos de los jefes de las tres divisiones que tiene la asociación (de educación, de servicios y de investigación) por un periodo de dos años con posibilidad de reelección de acuerdo a los estatutos.

Los actuales dignatarios de la ACFO son

 
Presidente: Dr. Carlos Mario Uribe Soto
Vicepresidente: Dr. Víctor Villota Alvarado
Directora Ejecutiva: Dra. Gladys Azucena Núñez Barrera
Tesorera: Dra. Claudia Leonor Bastidas Ramírez
Revisoría Fiscal: Sr. Alfonso Flórez Millán
División de Educación: Dra. Sofía Jácome Liévano
División de Servicios: Dr. Lina María García Zapata
División de Investigación: Dra. Sonia Concha Sánchez

Los principales logros de la asociación se pueden resumir en la participación en las reformas educativas y del sector salud de los años 70, la definición de los lineamientos de la política nacional de salud bucal, la creación de nuevos programas y facultades de Odontología, la reglamentación del sistema nacional de salud, participación en la elaboración del decreto 1002 de 1978 y del decreto 80 de 1980 por el cual se reformó la educación superior, la asesoría al Ministerio de salud para la realización del III Estudio Nacional de Salud Bucal, la elaboración de las guías de atención odontológica basadas en la evidencia para el Instituto de Seguro Social, elaboración de los requisitos básicos de los programas de Pregrado de Odontología, homologación de títulos de Pregrado y Postgrado en Odontología para la oficina de relaciones interinstitucionales del ICFES a través de la División de Educación. La asociación ha considerado prioritario, a través de la división de Educación, reflexionar sobre la formación de los futuros profesionales, sobre los modelos educativos mas pertinentes para la enseñanza y actualmente adelanta una investigación a nivel Nacional sobre el Perfil del docente de Odontología.